Az 1942-43-as szezonban lépett utoljára pályára a Roma a bajnokságban mielőtt a szövetségesek megszállták volna Olaszországot. Ez az év eléggé felemásra sikeredett, a jó teljesítményt csak félig sikerült megtartani, mert amig a bajnokságban nem ment olyan jól, azért az olasz kupa elődöntőjébe beverekedte magát a Roma olyan csapatokat legyőzve, mint a Juventus, Inter és a Livorno, akik a Torinoval szemben maradtak csak alul a scudetto-ért folytatott versengésben éppen a Romától elszenvedett vereség miatt. A háborús helyzetet mi sem jellemezte jobban, mint az a különös esemény, amikor 1942. november 8-án a Livorno elleni meccsre utazó csapat vonatát a Rapallo-Genova szakasz között amerikai repülök lőtték. Az emberek megpróbáltak menedéket keresni, ami sikerült is és végül 8 órás késéssel jutottak el Genovába a stadionba ami addigra már teljesen üres volt.

1943. február 18-án, a Liguria elleni meccsen (2:0-ra kikapott a csapat) jelentette be Massetti, hogy visszavonul az aktív labdarúgástól.
1943. május 23-án a Roma a Torinóval játszott a Coppa Italia elődöntőjében. A Torino ekkor már, mint bajnokcsapat játszott. A mérkőzés alatt sajnos több atrocitás is érte a játékosokat. A Roma még a mezén viselte a scudettót (hiszen nem volt még vége a bajnokságnak), majd az első félidő végén, mikor a csapat az öltözőbe beért, 11 ollót találtak a padokon és mindegyik mellett egy cetlit, amin arra kérték a játékosokat, hogy vágják le a jelvényt a mezükről. Aztán a mérkőzés vége előtt 7 perccel a Torino “talált” egy gólt, ami el is döntötte a találkozó sorsát. Ossola lövését hárította a római kapus Blason, de a mérkőzés játékvezetője azt állította, hogy a labda áthaladt a gólvonalon és megadta a gólt, ráadásul nem ismerte el a partjelző, Missironi les jelzését sem és egy rövig megbeszélés után a partjelző visszavonta ítéletét mely a lesre vonatkozott. Ennyi elég is volt az amúgy is feszült hangulatnak és hatalmas veszekedés alakult ki, melynek következtében Dagianti megütötte a partjezőt. Később, miután minden elcsendesült Missinori Amadei-t nevezte meg a verekedés kirobbantójának. A náci sportvezetők példás bűntetést akartak kiszabni. Ennek következtében a mérkőzést 2:0-val a Torino nyerte a zöld asztal mellett, és szegény, ártatlan Amadeit élete végéig eltiltották mindenféle sporttevékenységtől. Szerencsére Amadei sportpályafutása hosszabb volt mint amig a fasiszta rezsim tartott, így annak bukását követően Amadei visszatérhetett.

1943-45 között az ország két részre szakadt, északi és déli régiókra, emiatt nem volt biztos a bajnokság lebonyolítása, bár a futball ment tovább ahogy tudott, akár régiónként, akár kisebb városokban. 1945-ben újra megindult a nemzeti bajnokság, igaz két csoportra osztva. Visszatért a csapathoz Argentínából Panto, Amadeo Amadei eltiltását pedig visszavonták.

Ebben az évben a csapat a déli régió első négy helyezett csapata között végzett, amivel kvalifikálták magukat a további küzdelmekre a Bari, a Napoli és a Pro Livorno társaságában. 1946. április 8-án kezdődött meg a rájátszás, a Roma számára egy súlyos vereséggel: Roma – Torino 0:7. Végül a 8. helyen zárták a bajnokságot.

Az 1946-47-es szezont újra egy csoportban kezdték a csapatok. A gazdasági helyzet nagyon siralmas volt, a Roma szinte ugyan azzal az öreg kerettel vágott neki a bajnokságnak, akik ’43-ban bajnokok voltak, köztük Amadei és Krieziu. 1947. januárjában napvilágott látott az a pletyka, hogy a Roma el akarja adni Amadeit a nagyszerű Torinónak. A szurkolók hangot adtak elégedetlenségüknek, majd az elnök, Baldassarre kénytelen volt mindent tagadni. 1947-ben mégsem ez volt a legemlékezetesebb esemény, hanem sajnos egy gyászeset. Május 8-án egy barátságos meccsen Attilio Ferraris IV összeesett és meghalt. Mint később kiderült, a szíve mondta fel a szolgálatot. A Testaccio Rómájának egyik nagy alakja távozott az élők sorából. A temetésen Fulvio Bernardini a mezével takarta le a koporsót ezzel tisztelegve Ferraris kiemelkedő egyénisége, sportemberi mivolta előtt. Nem a legboldogabb időszak volt ez a giallorossik életében, a vezetésnek nem volt anyagi lehetősége olyan erősítésre, akik méltóak lettek volna a Roma hírnevéhez. Amadei volt az egyetlen olyan játékos, aki képes volt azt a csapatot fenntartani, amelyik veszélyesen csúszott lefelé a Seria A tabelláján. Pár dolog volt csak, ami elégedettséget hozott, ezek pedig a derbik voltak.
1947. november 16-án például úgy nyert a Roma 1:0-ra, hogy 9 emberrel fejezték be a találkozót. A találkozó egyetlen gólját az az Amadei szerezte, akivel szemben rögtön a gólja után Ferri szabálytalankodott és a hátcsigolyáját törte el. Ugyanez a Ferri megismételve kegyetlen megmozdulását, kicsit később Valle-t tette harcképtelenné a térdét találva el (akkoriban még nem volt cserelehetőség!).
1948. nyarán egy másik szomorúságot kellett elfogadniuk a giallorossiknak. Eladták Amadeit az Internek 35 millió líráért. Baldassarre elnök megpróbálta a helyzetet azzal megmagyarázni, hogy Amadei a sok áldozatért, amit a csapatért hozott megérdemli a továbblépést a karrierje érdekében. Az igazság azonban az volt, hogy Amadei egy olyan csapatban akart játszani, ahonnan nagyobb lehetőség van bekerülni a válogatottba. Ez egy olyan sajnálatos szakasz kezdete volt, amikor a római játékosok kénytelenek voltak elhagyni városukat annak reményében, hogy fent északon a válogatott reflektorfényébe bekerülhessenek.
1949. május 3-án a Valentino Mazzola edzette nagyszerű Torino egy jótékonysági mérkőzésről hazafelé a repülőgépük szerencsétlenséget szenvedett Torinóhoz közel. Senki nem élte túl a katasztrófát. Az egész ország gyászba borult. Ezen szomorú események mellett a 10. helyen fejezte be a bajnokságot a Roma az 1948-49-es esztendőben.

1949. június 20-án véget ért Baldassarre elnökségének ideje, a helyét Pier Carlo Restagno vette át, aki elhatározta, hogy az első csapat irányításával Fuffo Bernardinit bízza meg. Az elnökség másik új tagja az a Renato Sacerdoti volt, aki a ’30-as években már töltött be vezető szerepet a menedzsmentben és Ő az egyik legnagyszerűbb elnök a Roma történelmében. Új játékosok is érkeztek a klubbhoz: a védő Armando Tre Re, a támadó Adriano Zecca (1953-ig 91 mérkőzésen 22 gólt szerzett), a jobbszélső Renzo Merlin és a jugoszláv Alex Arangelovic.
A Bernardini által edzett csapat új taktikával állt elő a bajnokság során, de sajnos a Roma nem szerepelt olyan jól, hogy harcba szálljon a scudettó-ért, így 1950. május 10-én Bernardini lemondott. A vezetőség Ligi Brunellát bízta meg a csapat vezetésével, aki vállalta, hogy benn tartja a Romát a Serie A-ban. Ezt később a Barinak köszönhette a csapat, akik az Intertől kikaptak otthon így ők estek ki a Venezia társaságában, a Roma megmenekült (18. helyen zártak a 20 csapatból). Fájdalmas évek voltak ezek a Roma számára, hiszen ez egy sokkal gyengébb csapat volt annál, mint amit maga a Roma név hordozott, és ami méltó lett volna erre a névre, a hagyományokra. A katasztrófa végül a következő évben következett be.